高度プロフェッショナル制度とは、高度の専門的知識等を必要とする業務に就いている一定の年収（年収1,075万円以上 ※現在）の労働者のうち、その労働者の同意があること等を前提に、労働基準法に定められている労働時間、休日及び深夜の割増賃金等の規定が適用されないという制度で、労働基準法の改正により、平成31年4月1日に施行予定の新しい制度です。
それでは残業代が発生しない制度は今までなかったのか？というとそういうわけではなく、現行の制度でも、みなし労働時間制度を定めた「裁量労働制」という制度があります。
裁量労働制には①「企画業務型」裁量労働制と②「専門業務型」裁量労働制という2種類のパターンがあり、「企画業務型」裁量労働制（①）は、事業の運営に関する企画・立案・調査・分析の業務を対象業務とし、「専門業務型」裁量労働制（②）は、新聞記者、デザイナー、金融商品の開発や建築士、公認会計士、証券アナリストなどの専門的な業務が対象業務となっています。
この裁量労働制が適用されると、労働者は実際に働いた時間とは関係なく、労使であらかじめ定めた時間を働いたものとみなされます。高度プロフェッショナル制度も、労働者が実際に働いた時間を算定しない制度です。
また、「専門業務型」裁量労働制（②）の場合は、そもそもの業務の性質上、その遂行方法を労働者の大幅な裁量に委ねる必要性がある業務に適用されるものですので、同じく業務の性質上労働時間の設定が難しい専門的業務を対象とする高度プロフェッショナル制度と、対象業務が重なる場合があります。
このように、高度プロフェッショナル制度と専門業務型裁量労働制は一見すると似ていますが、以下の点で異なっています。
（1）みなし労働時間
専門業務型裁量労働制は、労使協定で決めた時間を働いたものとみなす制度ですので、労使協定で決めた時間がもともと法定労働時間を超えている場合には、その超えた時間分の時間外手当を使用者は支払わなければなりません。
一方、高度プロフェッショナル制度は、労働時間に制限はなくあらかじめ労働時間を設定するわけではないので、みなし労働時間という概念はありません（法定労働時間が適用されないので、時間外手当という発想はありません）。
（2）深夜勤務手当と休日手当
専門業務型裁量労働制においても、深夜労働（午後10時～午前5時の労働）や法定休日の休日労働については、みなし労働時間制は適用されず、使用者は実労働時間の把握を行い、深夜勤務手当と休日手当の割増賃金を支払う必要があります。また、所定休日（法定外休日）の休日労働においても、労働時間と同じ週の他の日の労働時間の合計が、法定労働時間である週40時間を超えた場合、時間外手当の支払いが必須となります。
一方、高度プロフェッショナル制度においては、たとえ深夜労働や休日労働を行ったとしても、労基法上の深夜労働や休日労働の制度の適用はないので、使用者は深夜勤務手当と休日手当の割増賃金を支払う必要はありません。
（3）休憩時間
専門業務型裁量労働制においても、休憩時間制度（労基法第34条第1項）の適用がありますので、労使協定で定めた労働時間に対応する休憩時間（6時間を超え8時間以内なら45分以上、8時間を超えるなら60分以上）を労働者に与えなければなりません。
一方、高度プロフェッショナル制度においては、休憩時間の適用はありませんので、使用者がわざわざ休憩時間を与える必要はありません。
（4）年収要件
高度プロフェッショナル制度には専門業務型裁量労働制とは異なって、適用するためには、業務内容の要件以外に年収要件（年収1,075万円以上）があります。
使用者にとっては、上記（1）～（3）を考えなくてよいため、業務要件（アナリスト業務やコンサルタント業務等）と年収要件（4）をいずれも充たすのであれば、専門業務型裁量労働制よりも、高度プロフェッショナル制度のほうが使い勝手が良いと思います。
また業務要件・年収要件を充たすような労働者にとっても、深夜労働禁止・休日労働禁止されて労働時間を制限されると、かえってやりにくい方もいると思われますのでので、そういう方は専門業務型裁量労働制よりも、高度プロフェッショナル制度のほうを選択することになるのではないでしょうか。
